La rive nord du lac d'Annecy fut occupée au moins dès 3 100 av. J.-C. et Annecy qui s'appelait alors Boutae fut une bourgade industrieuse à l'époque romaine (50 av. J.-C.).

Boutae est le nom romain d'Annecy, découvert dans une inscription à Meythet (C.I.L., XII, n°2532).

À la chute de l'empire romain les grandes invasions amenèrent une telle insécurité que la ville dépérit complètement. La légende veut que les survivants se réfugièrent sur le coteau d'Annecy-le-Vieux, ce qui n'a jamais été attesté par l'archéologie.

Située à égale distance entre Genève et Chambéry, son histoire du Xe au XIXe siècle est fortement marquée par l'histoire de ces deux villes. Dépendante du comté de Genève, elle en devint la capitale lorsque ses comtes sont chassés de leur ville au XIIIe siècle à la suite de graves conflits avec les évêques.

À partir du XIIe siècle, les rives du Thiou furent le lieu d'intenses activités artisanales, commerciales puis industrielles.

Après l'extinction de la famille de Genève en 1394 dont le dernier représentant fut l'antipape Clément VII, le comté est intégré dans les possessions de la Maison de Savoie en 1401. En 1444, il est érigé en apanage des princes de Savoie et Annecy devint capitale d'une contrée couvrant leurs possessions du Genevois, du Faucigny et du Beaufortain.

Au XVIe siècle avec le triomphe du calvinisme à Genève, elle accueille en 1535 l'évêché et les ordres religieux catholiques en fuite et devient la capitale de la Contre-Réforme menée par François de Sales.

Dès la fin du XVIIe siècle, la ville connut une reconversion majeure en devenant un centre industriel important et innovant, lié à la force hydraulique du Thiou et à des personnalités entreprenantes.

Pendant la Révolution française et l'époque napoléonienne, la ville est rattachée au nouveau département du Mont-Blanc dont le chef-lieu est Chambéry puis, à la restauration, revient dans les possessions de la Maison de Savoie.

En 1860, suite au rattachement de la Savoie à la France, elle devient le chef-lieu du nouveau département de la Haute-Savoie.

Sa vocation industrielle s'affirma au XXe siècle sans nuire à son essor touristique favorisé par la découverte et le développement des sites et des plaisirs lacustre et alpestre.

Le Palais de l'Isle (vieilles prisons) : datant du XIIe siècle, il a été construit au milieu du canal du Thiou pour servir de prisons et palais de justice. C'est le monument symbole de la ville et l'un des monuments les plus photographiés de France.

Le château d'Annecy : surplombant la ville, il est l'ancienne résidence des comtes de Genève et des ducs de Genevois-Nemours, branche cadette de la Maison de Savoie (XIIe-XVIe siècle). Il abrite aujourd'hui le Conservatoire d'Art et d'Histoire d'Annecy et l'Office régional des lacs Alpins.

La vieille ville traversée par de nombreux canaux et des rues piétonnes à arcades. Une des plus belles est la rue Sainte-Claire avec ses romantiques arches du XVIIe et XVIIIe siècles. On peut également y découvrir de nombreuses fontaines. Parmi elles celle du puits Saint-Jean au croisement de la rue Carnot et de la rue Royale, cœur de la vie commerçante et politique d'Annecy.

Les canaux par lesquels le lac se deverse et les vannes qui régulent les débits constituent un système de dérivation et de contrôle des eaux conçu par l'ingénieur Sadi Carnot avant qu'il ne devienne président de la République.

Le Pont des Amours au-dessus du canal du Vassé et reliant les jardins de l'Europe au Pâquier, bel exemple de l'architecture en fer typique du début du XXe siècle.

L'Impérial Palace inauguré en 1913, avec ses jardins publics, sa plage et son casino.

La préfecture datant du XIXe siècle.

Le moderne Centre culturel de Bonlieu où sont réunis un théâtre national, une bibliothèque, l'office du tourisme, des commerces et des bureaux.

Le moderne et aérien Palais de justice d'Annecy, actuellement en cours de réparation après un attentat à la bombe survenu en janvier 2001.

Le lycée Berthollet de type napoléonien, fondé en 1888.

L'Atelier monétaire du Genevois qui abrite aujourd'hui le Musée de l'Histoire d'Annecy

La Cathédrale Saint-Pierre du XVIe siècle fut la cathédrale de François de Sales et abrite de nombreuses œuvres d'art baroque et un splendide orgue du XIXe siècle.

L'église Saint-Maurice de style gothique flamboyant du XVe siècle et ses peintures du XVe et du XVIe siècle.

La Basilique de la Visitation du XXe siècle abrite les tombeaux de Saint François de Sales et de Sainte Jeanne de Chantal et offre de son esplanade un beau point de vue sur toute la ville et l'agglomération.

La Basilique Saint-Joseph-des-Fins fut construite durant la Seconde Guerre mondiale par le célèbre architecte Dom Bello.

Les autres églises de la région annécienne.